《湖南省知识产权战略推进专项资金管理办法》对通过马德里体系提出的国际商标申请,在完成国际阶段审查并在WIPO国际商标公告上公布的,每件给予一次性资助是()。A、5000元B、10000元C、3000元

马德里商标注册后期指定是指商标获得国际注册后，商标注册人就该国际注册所有或部分商品和服务申请领土延伸至一个或多个国家，故本题正确答案为A。

按照《商标国际注册马德里协定》或《商标国际注册马德里协定有关协定书》的规定，商标在进行国际注册前必须已经向原属国的商标注册机关提出了国内注册申请或者已经获得了国内注册。故本题正确答案为D选项。

商标国际注册的注册人将自己的商标指定到马德里联盟成员国予以保护的申请，即是领土延伸申请。D选项正确。

领土延伸申请分为领土延伸申请和后期领土延伸申请。A选项错误。

领土延伸申请是指申请人在申请商标国际注册的同时，在国际注册申请书的有关栏目中指明要求给予保护的国家，国际注册和领土延伸二者同时进行。B选项错误。

后期领土延伸申请是指注册人在其商标获得国际注册之后，又需在马德里联盟成员国中增加其商标保护国的申请，是在商标国际注册之后进行的申请。C选项错误。

申请国际注册的商标可以是已在我国获得注册的商标，也可以是已在我国提出注册申请并被受理的商标。

香港和澳门特别行政区的法人或自然人目前还不能通过商标局提出国际注册申请。AC选项正确。申请国际注册的商标可以是已在我国获得注册的商标，也可以是已在我国提出注册申请并被受理的商标。B选项正确，D选项错误。