施工总承包序列二级及二级以下的交通、水利、通信等建筑业企业资质，由省、自治区、直辖市人民政府（ ）审批。A.建设行政主管理部门B.建设行政主管部门征得同级有关部门初审同意后C.有关专业部门征得同级建设行政主管部门初审同意后D.有关专业部门

根据《建筑业企业资质管理规定》的规定，下列建筑业企业资质许可，由企业工商注册所在地设区的市人民政府建设主管部门实施：（一）施工总承包序列三级资质（不含国务院国有资产管理部门直接监管的企业及其下属一层级的企业的施工总承包三级资质）；（二）专业承包序列三级资质；（三）劳务分包序列资质；（四）燃气燃烧器具安装、维修企业资质。前款规定的建筑业企业资质许可的实施程序由省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门依法确定。企业工商注册所在地设区的市人民政府建设主管部门应当自作出决定之日起30日内，将准予资质许可的决定通过省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门，报国务院建设主管部门备案。

AD项：属于上述（一）中的例外规定，企业工商注册所在地设区的市人民政府建设主管部门无许可权限。所以D项正确，A项错误。

BC项：专业总承包分资质等级，企业工商注册所在地设区的市人民政府建设主管部门对专业总承包序列三级资质有许可权限。所以BC项错误。

综上所述，本题的正确答案为D。@##

建筑业企业资质分为施工总承包资质、专业承包资质、施工劳务资质三个序列。

下列建筑业企业资质，由企业工商注册所在地省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门许可：(1)施工总承包资质序列二级资质及铁路、通信工程施工总承包三级资质；(2)专业承包资质序列一级资质（不含公路、水运、水利、铁路、民航方面的专业承包一级资质及涉及多个专业的专业承包一级资质）；(3)专业承包资质序列二级资质（不含铁路、民航方面的专业承包二级资质）；铁路方面专业承包三级资质；特种工程专业承包资质。

第四版教材P62（二）施工企业资质的许可权限
没有地方施工总承包序列一级资质，故A选项错误；专业承包二级资质中民航、铁路方面的二级资质不归省、市、自治区审批，故B不正确；专业承包序列不分等级资质中公路交通、城市轨道交通等序列的不分等级资质也不归省、市、自治区批准，故C不正确。本题只有D选项正确。（2016年版教材P63）