对大多数厌氧菌有良好抗菌作用的药物是A、头孢唑啉B、青霉素C、阿奇霉素D、甲硝唑E、链霉素

链霉素是氨基糖苷类抗生素，对各种需氧革兰阴性杆菌有强大的抗菌活性；青霉素主要是对敏感的革兰阳性球菌和杆菌作用较强；氯霉素为广谱抗生素，对革兰阴性菌的抑制作用强于革兰阳性菌，对伤寒杆菌、流感杆菌和百日咳杆菌的作用比其他抗生素强。阿奇霉素是大环内酯类抗生素，抗革兰阳性菌作用与红霉素相当，增加了抗革兰阴性菌的抗菌作用；林可霉素的抗菌谱与红霉素相近，但其主要特点是对各种厌氧菌有强大的抗菌作用，主要用于治疗厌氧菌感染的疾病。

甲硝唑对革兰阳性或革兰阴性厌氧杆菌和球菌都有较强的抗菌作用，对脆弱类杆菌感染尤为敏感。常用于厌氧菌引起的产后盆腔炎、败血症、骨髓炎等，均有良好的防治作用。