下列情形中，构成非法经营罪的是：A．甲医药公司擅自从事假药生产、销售，违法所得数额巨大B．乙国有图书公司明知是盗版图书仍然进行销售，违法所得数额巨大C．丙公司倒卖窃取的商业秘密，违法所得数额巨大D．丁公司未经许可擅自倒卖烟草，违法所得数额巨大

本题考查非法经营罪与生产销售假药罪、销售侵权复制品罪、侵犯商业秘密罪在行为方式上的区别。甲的行为构成生产、销售假药罪，乙的行为构成销售侵权复制品罪，丙的行为构成侵犯商业秘密罪。只有丁的行为属于非法经营。

根据《刑法》第140、141、149、150条规定，其行为同时触犯生产、销售伪劣产品罪和生产、销售假药罪，应当按照生产、销售假药罪定罪处罚。甲某作为厂长和犯罪行为的组织者，属于单位犯罪的直接责任人。

解析：根据《刑法》第140、141、149、150条的规定，其行为同时触犯生产、销售伪劣产品罪和生产、销售假药罪，应当按照生产、销售假药罪定罪处罚.甲某作为厂长和犯罪行为的组织者，属于单位犯罪的直接责任人.

甲医药公司擅自从事假药生产、销售，违法所得数额巨大，构成生产、销售假药罪和生产、销售伪劣产品罪，并形成法条竞合，但不构成非法经营罪，A项不选。乙国有图书公司明知是盗版图书仍然进行销售，违法所得数额巨大，构成销售侵权复制品罪，B项不选。丙公司倒卖窃取的商业秘密，违法所得数额巨大，构成侵犯商业秘密罪，C项不选。《刑法》第225条规定：“违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处……（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件 的；（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的； (四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。”《关于惩治骗购外汇、逃汇和非法买卖外汇犯罪的决定》第4 条规定在国家规定的交易场所以外非法买卖外汇，扰乱市场秩序，情节严重的，依照刑法第二百二十五条的规定定罪处罚。”丁公司未经许可擅自倒卖烟草，违法所得数额巨大，属“未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品”。《关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第1条第5款规定：“违反国家烟草专卖管理法律法规，未经烟草专卖行政主管部门许可，无烟草专卖生产企业许可证、烟草专卖批发企业许可证、特种烟草专卖经营企业许可证、烟草专卖零售许可证等许可证明，非法经营烟草专卖品，情节严重的，依照刑法第二百二十五条的规定，以非法经营罪定罪处罚。”因此，选D。

解析：本题考查非法经营罪的认定.非法经营罪在客观方面常见的表现之一是未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品.专营、专卖物品，是指经国家法律、行政法规规定允许特定单位或特定部门经营买卖的物品，如军工产品、火药产品、麻醉药品、贵重金属r烟酒等国家垄断经营的物品.D选项中烟草属于国家垄断经营的物品，非经许可不得擅自经营，故丁公司构成了非法经营罪．A选项中甲医药公司生产、销售假药，由于未表述出是否足以危害人体健康，但违法所得数额巨大，故不成立生产、销售假药罪而成立生产、销售伪劣产品罪.B项中乙公司明知是盗版图书仍进行销售，违法所得数额巨大符合销售侵权复制品罪的构成要件，成立销售侵权复制品罪.C选项丙公司倒卖、窃取的商业秘密，违法所得数额巨大，构成侵犯商业秘密罪.