对于首次申请《麻醉药品、第一类精神药品购用印鉴卡》的医疗机构，市级卫生行政部门在作出是否批准决定前，还应当A、组织现场检查并留存现场检查记录B、检查医疗机构药库设施情况C、检查医疗机构执业医师状况D、考核医疗机构药学人员配备情况E、考核医疗机构安全管理制度

(1)印鉴卡有效期为3年，有效期满前3个月，医疗机构应当向市级卫生行政部门重新提出申请。故A正确。
(2)医疗机构需要使用麻醉药品和第一类精神药品的，应当经所在地设区的市级卫生主管部门批准，取得《麻醉药品、第一类精神药品购用印鉴卡》，医疗机构应当凭印鉴卡向本省、自治区、直辖市行政区域内的定点批发企业购买麻醉药品和第一类精神药品。故B、D正确。
(3)当印鉴卡中医疗机构名称、地址、医疗机构法人代表(负责人)、医疗管理部门负责人、药学部门负责人、采购人员等项目发生变更时，医疗机构应当在变更发生之日起3日内到市级卫生行政部门办理变更手续。执业医师变更无需办理变更手续，故C错误。

市级卫生行政部门接到医疗机构的申请后，应当于40日内作出是否批准的决定。对经审核合格的医疗机构可发给《印鉴卡》，并将取得《印鉴卡》的医疗机构情况抄送所在地同级药品监督管理部门、公安机关，报省、自治区、直辖市卫生行政部门（以下简称省级卫生行政部门）备案。省级卫生行政部门将取得《印鉴卡》的医疗机构名单向本行政区域内的定点批发企业通报。　　对于首次申请《印鉴卡》的医疗机构，市级卫生行政部门在作出是否批准决定前，还应当组织现场检查，并留存现场检查记录。

对于首次申请《印鉴卡》的医疗机构，市级卫生行政部门在作出是否批准决定前，还应当组织现场检查，并留存现场检查记录。故选A。