抗体质量是影响 Western 印迹成败的关键因素之一。在 Western 印迹过程中蛋白质均发生变性,已经失去了原有蛋白质折叠的空间结构,因此应用于 Western 印迹选择的抗体是识别变性后蛋白质表位的抗体。作用于靶蛋白的第一抗体有单克隆抗体和多克隆抗体两种类型,多克隆抗体往往可以识别同一抗原分子上多个结合位点,因此杂交信号比较强,但也容易产生非特异性条带,使背景增强。单克隆抗体通常只识别一个表位,对抗原分子中某个特定区域的检测有很大优势,特异性强但杂交信号相对弱。第二抗体是针对第一抗体的免疫球蛋白,现多使用非放射性核素标记,包括荧光、碱性磷酸酶、辣根过氧化酶等。