荷兰人对台湾汉人和少数民族采取同一套统治政策。

荷兰人占据台湾后，他们疯狂地掠夺台湾富庶的资源。他们掠夺的主要物品是台湾特产鹿皮、樟脑、槟榔、米和砂糖等。与掠夺同时进行的是转口贸易，荷兰人把台湾的米、砂糖、鹿皮和藤输往日本，甚至波斯；把从荷兰运来的金属、药材，从巴达维亚运来的香料、胡椒、琥珀、锡、铅、棉布、鸦片等，经由中国台湾输往中国大陆；再把中国大陆的生丝、瓷器、丝织品、黄金等货物，经台湾转口输往巴达维亚或欧洲地区。荷兰人在转口贸易中获取了巨额利润。
1641年起，荷兰人便再度集结兵力向台湾中部、东部和北部征伐。荷兰人从笨港登陆，进攻大波罗，击退了当地居民的抵抗，占领了村庄。荷兰人在对台中、台东用兵的同时，也多次派兵进犯台湾北部，并于1642年8月攻占了鸡笼。荷兰人强迫鸡笼附近的44个原住民村归附纳贡。荷兰人四处用兵，经过前后5年的征伐，到1645年止，已基本控制了台湾西部平原的大部分村社，并将势力扩张到东部，从而奠定了荷兰人在台湾的势力范围。

1624年，荷兰人占据了台湾，这使西班牙人感到恐慌，他们担心西班牙人的吕宋岛与中国贸易航路有被切断的危险。于是在1626年2月西班牙驻菲总督斯尔瓦派遣远征军侵占台湾。他们绕道台湾东岸北上，在鸡笼社寮岛（今基隆和平岛）登陆。西班牙人在这里修筑起“圣救主城”，把鸡笼改为“特立尼达”，把海湾称为“圣地亚哥”，作为扩大台湾侵略的基地。1628年，西班牙舰队绕道北部海岸登陆沪尾（淡水），修建“圣多明哥城”。1632年，西班牙人又沿淡水河北上，进入台北平原。相继侵占了七堵、金山、八里乡、北投社、松山、大龙峒等各少数民族部落，扩大势力范围。1634年，西班牙又侵入噶玛兰（今宜兰）。西班牙人所到之处，都要建立城堡要塞，建立教堂。
荷兰人对西班牙人在台湾的一举一动都十分关注，他们时常派遣船只在海上拦截西班牙人的船只，还通过各种渠道打探西班牙人的情报。尽管西班牙人的统治力量都不及荷兰人在台湾的统治，但是他们还是经常偷袭往来于闽台间的荷兰商船和其它商船。这是荷兰人所不能容忍的。荷兰人视西班牙人如眼中钉，不除不快。1642年，荷兰人在鸡笼港登陆，即对鸡笼港周边的堡垒发动攻击，很快就占领了各个堡垒。接着，荷兰人向圣萨尔瓦多城发起了猛烈的进攻，西班牙人死命抵抗，终因力量悬殊，西班牙人缴械投降。从而结束了西班牙人在台湾的16年殖民统治。